1990
时任新闻出版署署长宋木文，时任新闻出版署图书司司长杨牧之、发行司司长王俊国一行来公司视察。
10月17日,上海香港三联书店有限公司成立，原上海市市长汪道涵、时任上海市新闻出版局副局长刘培康等出席开幕式。

1991
3月10日,上海旧书店恢复营业。
8月3日,公司所属澳门文化广场宝文堂开业。 

1992
开始出版由萧乾主编的《新编文史笔记丛书>，至1994年出齐，共四辑50册。

1993
1月,公司领导班子调整，樊秀珍任总经理，翁铭泽、林国华、胡建强任副总经理。俞子林任上海书店总编辑。
6月22日,公司党总支改选，樊秀珍任书记，杜静雅任副书记，俞子林、江峰、胡建强、王建平、彭卫国任委员。
8月15日, 线装古籍、新旧字画和旧期刊的经营从古籍书店剥离，成立上海博古斋。
12月,公司实行全员劳动合同制，结束了固定用工制度。本年，由于市政建设需要，公司在淮海路、南京路、四川路等八处门市部被动迁拆除，对公司经营造成重大影响。上海书店出版社出版的《新编文史笔记丛书》荣获“第七届中国图书奖”。上海博古斋荣获“上海市先进模范集体”称号。 

1994
10月,公司成立四十周年，装修一新的图书城竣工开业，原上海市市长、海峡两岸关系协会会长汪道涵出席剪彩仪式并致辞。

1995
4月5日,公司假座衡山宾馆召开座谈会，中央文史研究馆萧乾馆长一行来沪听取专家学者对《新编文史笔记丛书》的意见，时任上海市政府秘书长卢莹辉、时任上海市文史馆馆长王国忠、时任上海市新闻出版局副局长孙颙，以及唐振常、冯英子、郑拾风、钱伯城、储大泓、倪墨炎、刘金等专家学者与会。
5月,金良年任上海书店副总编辑。
6月,公司与上海文史馆在上海文艺会堂联合举办《新编文史笔记丛书》出版座谈会，对《丛书》的编辑出版进行总结汇报，时任上海市副市长谢丽娟等出席。
6月15日,公司党总支班子调整，彭卫国任副书记，增补何莎为委员。时任上海新闻出版局副局长陈昕出席公司会议，就公司定位及未来发展作出重要讲话。
10月16日,原中央书记处书记邓力群视察公司并题词。 

1996
7月,公司荣获“全国美术图书最佳销售单位”称号。
8月14日,上海书店出版社假座瑞金宾馆召开《中国近代文学大系》全书出版座谈会。时任中共上海市委宣传部副部长贾树枚，时任上海市新闻出版局局长徐福生、副局长孙颙，上海古籍整理规划小组副组长钱伯城，以及专家学者共70多人与会。
12月,《丛书集成续编》《古玩宝斋丛书》出版。

1997
1月23日,公司党总支调整，增补翁铭泽为委员。
6月,公司收购海内外孤本《监本纂图重言重意互注礼记》，为四十多年来收购到的惟一最完整、最重要的一套宋版书。
7月,公司内部刊物《书窗》（原名《古旧书讯》）复刊。
7月14日,公司领导班子调整，彭卫国、蒋平任公司副总经理。
8月22日,公司党总支调整，增补李冰君、罗伟国为委员，李冰君任副书记。
8月,《中国近代文学大系》荣获“第三届国家图书奖荣誉奖”。
11月24日,上海博古斋与上海国际商品拍卖有限公司假座贵都大酒店联袂举办首届古籍善本拍卖会。共成交375万元，成交率76%。 

1998
5月12日, 公司所属徐汇图书超市开业。开幕式上，中共上海市委宣传部副部长贾树枚和上海、天津等地新闻出版界的领导和各界人士100多人前往祝贺。该超市营业面积1300平米，供应各类图书近4万种。
6月,公司以5%的股份成功参股上海国际商品拍卖有限公司。
6月16日,上海书店出版社召开建社十周年座谈会。 

1999
2月24日,经新闻出版署和上海市委批准，全国出版业第一家出版集团——上海世纪出版集团成立，公司（含上海书店出版社）为核心成员单位之一。在集团成立大会上，时任新闻出版署副署长杨牧之宣布：新闻出版署同意由上海人民出版社、上海教育出版社、上海译文出版社、汉语大词典出版社、上海图书公司联合组建上海世纪出版集团。 
5月1日,公司所属设计书店开业。 
5月22日,徐汇图书超市所属协和量贩店网点开业，上海老街的旧书店网点开业。 
8月19日,公司领导班子调整，彭卫国任总经理、党总支副书记，李冰君任党总支书记，童文声、蒋平、鲁育才任副总经理。 
10月,公司设立事业发展部。