本草纲目土部
  乌爹泥
  伏龙肝
本草纲目金石部
  自然铜
  铅丹
  密陀僧
  紫石英
  丹砂
  水银
  水银粉
  雄黄
  石膏
  滑石
  五色石脂
  炉甘石
  浮石
  阳起石
  慈石
  代赭石
  禹余粮
  石胆
  砒石
  礞石
  花乳石
  凝水石
  朴消
  蓬砂
  石硫黄
  矾石
  绿矾
本草纲目草部
  甘草
  黄耆
  人参
  沙参
  桔梗
  黄精
  萎蕤
  知母
  肉苁蓉
  锁阳
  赤箭 天麻
  术
  狗脊
  贯众
  巴戟天
  远志
  淫羊藿
  仙茅
  玄参
  地榆
  丹参
  紫草
  白头翁
  白及
  三七
  黄连
  胡黄连
  黄芩
  秦艽
  茈胡
  前胡
  防风
  独活
  升麻
  苦参
  白鲜
  延胡索
  贝母
  山慈姑
  白茅
  龙胆
  细辛
  徐长卿
  白微
  白前
  当归
  芎
  蛇床
  藁本
  白芷
  芍药
  牡丹
  木香
  甘松香
  高良姜
  豆蔻
  白豆蔻
  缩砂蔤
  益智子
  荜茇
  肉豆蔻
  补骨脂
  姜黄
  郁金
  蓬莪荗
  荆三稜
  莎草 香附子
  藿香
  兰草
  泽兰
  香薷
  假苏
  薄荷
  积雪草
  苏
  菊
  野菊
  艾
  茵蔯蒿
  青蒿
  茺蔚
  夏枯草
  刘寄奴草
  旋覆花
  青葙
  鸡冠
  红蓝花
  番红花
  大蓟 小蓟
  续断
  漏卢
  苎麻
  胡卢巴
  恶实
  葈耳
  天名精
  豨莶
  芦
  麻黄
  木贼
  灯心草
  地黄
  牛膝
  紫菀
  麦门冬
  淡竹叶
  鸭跖草
  葵
  败酱
  款冬花
  决明
  地肤
  瞿麦
  王不留行
  葶苈
  车前
  鳢肠
  连翘
  蓝
  青黛
  虎杖
  萹蓄
  蒺藜
  谷精草
  海金沙
  半边莲
  紫花地丁
  大黄
  商陆
  狼毒
  大戟
  甘遂
  续随子
  常山 蜀漆
  藜芦
  附子
  乌头
  白附子
  虎掌 天南星
  半夏
  蚤休
  射干
  曼陀罗花
  芫花
  菟丝子
  五味子
  覆盆子
  使君子
  番木鳖
  马兜铃
  牵牛子
  紫葳
  月季花
  栝楼
  葛
  天门冬
  百部
  何首乌
  萆薢
  土茯苓
  白敛
  山豆根
  黄药子
  威灵仙
  茜草
  防己
  通草
  通脱木
  钓藤
  络石
  忍冬
  清风藤
  泽泻
  羊蹄
  菖蒲
  香蒲 蒲黄
  水萍
  海藻
  昆布
  石斛
  骨碎补
  石韦
  地锦
  马勃
本草纲目谷部
  胡麻
  大麻
  小麦
  荞麦
  稻
  粳
  玉蜀黍
  粟
  薏苡
  罂子粟
  大豆
  大豆黄卷
  赤小豆
  绿豆
  藊豆
  刀豆
  大豆豉
  麴
  神麴
  糵米
  饴糖
  醋
  酒
本草纲目菜部
  韭
  葱
  薤
  葫
  白芥
  莱菔
  生姜
  干姜
  胡荽
  蘹香
  马齿苋
  蒲公英
  蕺
  薯蓣
  百合
  壶卢
  冬瓜
  南瓜
  丝瓜
  芝
本草纲目果部
  杏
  梅
  桃
  天师栗
  枣
  木瓜
  山樝
  柹
  安石榴
  橘
  枸橼
  枇杷
  银杏
  胡桃
  荔枝
  龙眼
  橄榄
  榧实
  柀子
  槟榔
  大腹子
  枳椇
  秦椒
  蜀椒
  胡椒
  毕澄茄
  吴茱萸
  茗
  甜瓜
  莲藕
  芡实
本草纲目木部
  柏
  松
  桂 牡桂
  辛夷
  沈香
  丁香
  檀香
  降真香
  乌药
  熏陆香 乳香
  没药
  骐驎竭
  安息香
  苏合香
  龙脑香
  樟
  卢会
  檗木
  厚朴
  杜仲
  椿樗
  海桐
  楝
  槐
  秦皮
  合欢
  皂荚
  诃黎勒
  柽柳
  芜荑
  苏方木
  棕榈
  巴豆
  桑
  楮
  枳
  巵子
  酸枣
  山茱萸
  金樱子
  郁李
  女贞
  五加
  枸杞 地骨皮
  蔓荆
  密蒙花
  茯苓
  琥珀
  猪苓
  雷丸
  桑上寄生
  竹
  竹黄
本草纲目虫部
  蜂蜜
  露蜂房
  五倍子
  螳螂 桑螵蛸
  蚕
  原蚕
  九香虫
  斑蝥
  蝎
  水蛭
  蚱蝉
  ?虫
  蜚虻
  蟾蜍
  蜈蚣
  蚯蚓
本草纲目鳞部
  龙
  鲮鲤
  守宫
  蛤蚧
  蛇蜕
  白花蛇
  乌蛇
  鲤鱼
  鲫鱼
  鳗鲡鱼
  乌贼鱼
  海马
本草纲目介部
  水龟
  秦龟
  鳖
  牡蛎
  真珠
  石决明
  海蛤
  魁蛤
  紫贝
本草纲目禽部
  鸡
  寒号虫
本草纲目兽部
  豕
  羊
  牛
  阿胶
  牛黄
  熊
  麢羊
  山羊
  鹿
  麝
  腽肭兽
  猬
本草纲目人部
  发髲
  乱发
  人胞
附1  《本草纲目》药物与现代相关中药名对照表
附2  药名索引