序
前言
本书使用说明
第一章  绪论
  第一节  单细胞组学概述
    一、单细胞组学概念与研究对象
    二、单细胞组学发展历史
  第二节  单细胞组学技术优势及其应用
    一、技术优势及其覆盖领域
    二、领域应用概况
  第三节  单细胞组学展望与挑战
    一、单细胞组学发展趋势
    二、单细胞组学面临的主要挑战
  学科先锋  我的导师汤富酬
第二章  单细胞分选与测定技术
  第一节  单细胞样本制备
    一、样本类型与要求
    二、悬液制备及分选
  第二节  单细胞转录组测序文库制备与测序技术
    一、单细胞转录组测序文库制备
    二、单细胞转录组测序技术
  第三节  单细胞基因组及表观组测序技术
    一、单细胞基因组测序技术
    二、单细胞三维基因组测序技术
    三、单细胞表观组测序技术
  第四节  单细胞蛋白质组和代谢组测序技术
    一、单细胞蛋白质组测序技术
    二、单细胞代谢组测序技术
  学科先锋  我的导师DavidWeitz
第三章  空间组学成像与测定技术
  第一节  单细胞空间转录组学技术
    一、单细胞空间转录组学技术原理
    二、单细胞空间转录组实验流程
  第二节  其他空间组学技术
    一、空间基因组学技术
    二、空间代谢组学技术
    三、空间多组学技术
  学科先锋  超高分辨率时空组学技术Stereo-seq横空出世
第四章  单细胞转录组数据基础分析
  第一节  测序数据预处理、比对与表达定量
    一、测序数据基本分析流程
    二、条形码和UMI分析
  第二节  表达矩阵质控与优化
    一、质控
    二、标准化与归一化
    三、数据优化
  第三节  特征基因选择、降维与聚类
    一、特征基因选择
    二、降维
    三、聚类
  第四节  标记基因鉴定与细胞类型注释
    一、标记基因鉴定
    二、细胞类型注释
  学科先锋  Raul Satija与Georges Seurat
第五章  单细胞转录组数据高级分析
  第一节  拟时序分析
    一、拟时序分析原理与方法
    二、拟时序分析工具
  第二节  RNA速率分析
    一、RNA速率分析原理
    二、RNA速率分析方法与工具
  第三节  单细胞基因调控网络分析
    一、基因调控网络分析方法
    二、单细胞基因调控网络构建工具
  第四节  细胞通信
    一、细胞通信及其分析方法
    二、细胞通信分析工具
  第五节  单细胞遗传变异分析
    一、单核苷酸变异分析
    二、拷贝数变异分析
  学科先锋  Cole Trapnell与拟时序分析（Monocle）
第六章  单细胞转录组数据专项分析
  第一节  单细胞免疫组库分析
    一、单细胞免疫组库技术原理
    二、单细胞免疫组库数据分析
  第二节  单细胞CRISPR筛选分析
    一、单细胞CRISPR筛选技术原理
    二、单细胞CRISPR筛选数据分析
  第三节  单细胞微生物分析
    一、微生物细胞特征及其转录组测序技术
    二、微生物单细胞转录组数据分析方法
      学科先锋  PeterKharchenko、StenLinnarsson与RNA速率分析
第七章  空间转录组数据分析
  第一节  空间转录组数据预处理
    一、数据获取
    二、测序数据预处理
    三、图像数据预处理
  第二节  空间转录组基础分析
    一、空间可变基因识别
    二、空间域聚类识别与细胞类型注释
  第三节  空间转录组高级分析
    一、空间邻域与细胞通信分析
    二、3D重构与时空高维模拟分析
  学科先锋  FabianTheis与Scanpy及其他
第八章  单细胞其他组学数据分析
  第一节  单细胞基因组分析
    一、单细胞基因组变异鉴定
    二、单细胞基因组拼接
    三、单细胞三维基因组分析
  第二节  单细胞表观组分析
    一、单细胞染色质可及性分析
    二、单细胞甲基化分析
  第三节  单细胞蛋白质组和代谢组分析
    一、单细胞蛋白质组分析
    二、单细胞代谢组分析
  第四节  单细胞多组学数据联合分析
    一、单细胞多组学技术概述
    二、单细胞多组学数据分析
  学科先锋  谢晓亮与单细胞基因组测序
第九章  单细胞组学算法基础
  第一节  单细胞数据分析的基本数学问题
  第二节  归一化、降维、可视化与聚类
    一、归一化
    二、降维
    三、可视化
    四、聚类
  第三节  轨迹与RNA速率分析算法
    一、轨迹分析算法
    二、RNA动力学相关算法
  第四节  其他算法
    一、实验数据优化算法
    二、单细胞多组学整合算法
    三、空间组学数据分析算法
  学科先锋  青年先锋邱肖杰
第十章  单细胞组学验证实验
  第一节  单细胞组学研究与验证实验
    一、单细胞组学研究结果需要实验验证
    二、实验验证主要方式
  第二节  单细胞组学验证实验方法
    一、生物学验证实验
    二、组学数据交叉验证
  学科先锋  AvivRegev与人类细胞图谱
主要参考文献
附录1  单细胞组学主要数据库与分析工具
  一、单细胞组学数据库和在线分析平台
  二、主要开源单细胞组学分析工具
附录2  单细胞组学在线教程与资料
附录3  单细胞组学主要英文术语释义