第一章  引言
  第一节  植物光响应的研究进展
    一、LED光调控技术
    二、植物光响应的生理机制
    三、光对植物功能性代谢产物的分子调控机制
    四、蓝光信号网络
  第二节  植物细胞培养相关进展
    一、植物组织培养
    二、植物悬浮细胞培养
    三、植物生物反应器
  第三节  龙眼主要功能性代谢产物及其作用
    一、多糖的种类及功能
    二、生物碱的种类及功能
    三、类黄酮的种类及功能
    四、类胡萝卜素的种类及功能
  第四节  植物转录组测序技术研究进展
    一、转录组测序技术
    二、转录组测序在植物响应外界因素中的应用
第二章  不同光质对龙眼EC功能性代谢产物积累及生理生化指标的影响
  第一节  龙眼EC功能性代谢产物积累光照模式的优化
    一、光照实验与功能性代谢产物测定
    二、表型与功能性代谢产物分析
    三、不同光质对龙眼EC功能性代谢产物积累的影响
  第二节  不同光质对龙眼EC抗氧化相关酶活性变化规律的影响
    一、抗氧化相关酶活性测定
    二、抗氧化相关酶活性分析
    三、不同光质对龙眼EC生理生化指标的影响
第三章  不同光质对龙眼Ec功能性代谢产物积累的转录组学分析
  第一节  转录组测序
    一、植物材料和光照处理
    二、转录组文库的构建和测序
    三、参考序列比对和基因表达水平分析
    四、差异表达基因筛选
    五、差异表达基因GO和KEGG富集分析
    六、转录组数据的qPCR验证
    七、数据分析
  第二节  转录组测序数据分析
    一、转录组测序基础数据的分析
    二、不同光质下龙眼EC的差异基因
    三、龙眼EC差异表达基因的GO富集分析
    四、龙眼EC差异表达基因的KEGG富集分析
    五、龙眼EC光响应基因的Mapman代谢通路的分析
    六、激素相关基因筛选及表达模式分析
    七、龙眼EC光响应重要转录因子分析
    八、龙眼蓝光信号相关基因筛选及表达分析
  第三节  转录组讨论
    一、龙眼EC光响应过程中信号感知和转导
    二、光照通过Ca。’信号通路影响龙眼EC功能性代谢产物积累
    三、龙眼EC启动ROS清除和DNA修复应对光照
    四、龙眼EC通过可溶性糖和脯氨酸维持渗透平衡响应光照
    五、龙眼EC通过抗坏血酸和醛酸代谢响应光照
    六、硫代谢途径在光影响龙眼EC功能性代谢产物方面的重要作用
    七、龙眼EC通过TCA、PPP途径响应光照
    八、一些代谢途径与龙眼EC的生物素、多糖、类胡萝卜素、单萜类密切相关
    九、受体激酶可能激活龙眼EC响应光照
    十、龙眼功能性代谢产物蓝光信号网络的建立
第四章  不同光质对龙眼Ec功能性代谢产物积累的miRNA分析
  第一节  miRNA测序
    一、植物材料和光照处理
    二、sRNA文库的构建及测序
    三、sRNAs的常规分析及靶基因预测
    四、龙眼Ec差异表达miRNAs的鉴定
    五、龙眼EC差异表达基因和功能注释的鉴定
    六、miRNAs和靶基因的qPCR验证
    七、数据分析
  第二节  miRNA测序数据分析
    一、龙眼EC的sRNA测序基础数据的分析
    二、不同光质下龙眼EC的已知miRNAs、新miRNAs的鉴定
    三、不同光质下龙眼EC的miRNAs的差异表达分析
    四、龙眼Ec差异表达miRNAs靶基因功能分类
    五、miRNAs与其潜在靶基因的互作网络
    六、龙眼代谢途径相关的miRNAs与靶基因
    七、龙眼蓝光信号网络相关的miRNAs与靶基因
    八、不同光质下龙眼EC差异表达miRNAs及靶基因的qPcR分析
  第三节  miRNA组学讨论
    一、龙眼EC光响应的miRNAs
    二、龙眼EC蓝光响应过程中细胞信号感知和转导
    三、miRNAs通过靶定代谢途径结构基因进而调控功能性代谢产物生物和合成
    四、miRNAs的功能涉及隐花色素的光激活
    五、miRNAs参与激素信号转导影响龙眼EC功能性代谢产物积累
    六、miRNAs参与蓝光信号网络影响龙眼EC功能性代谢产物积累
第五章  龙眼miR396的前体克隆及分子特性与表达分析
  第一节  miR396生物信息学方法
    一、植物材料
    二、植物miR396家族成员的物种分布
    三、植物miR396家族成员进化树构建
    四、植物miR396家族成员二级结构预测及生产的成熟体位置特点分析
    五、植物miR396家族成员的靶基因预测
    六、龙眼gDNA和总RNA的提取及cDNA逆转录
    七、龙眼miR396a、miR396b前体的克隆
    八、龙眼miR396a、miR396b前体序列分析及二级结构预测
    九、龙眼miR396a、miR396b初级体转录起始位点预测及启动子顺式元件预测分析
  第二节  miR396生物信息学分析
    一、植物miR396家族前体和成熟体分布
    二、植物miR396家族前体和成熟体进化分析
    三、植物miR396家族二级结构特点
    四、植物miR396家族成员二级结构预测及成熟体形成位置的分析
    五、植物miR396家族成员的靶基因预测与分析
    六、龙眼miR396a、miR396b前体的克隆
    七、龙眼miR396前体和成熟体进化分析
    八、龙眼miR396a、miR396b前体二级茎状结构及生成成熟体特征分析
    九、miR396a、miR396b前体转录起始位点预测分析
    十、龙眼miR396a一3p和miR396b-5p启动子顺式作用元件预测分析
    十一、龙眼miR396a一3p一2、miR396b-5p在不同组织部位的表达模式分析
    十二、龙眼miR396a一3p一2、miR396b-5p在不同光质中的表达模式分析
    十三、龙眼miR396a一3p一2、miR396b-5p在不同光强的蓝光中的表达模式分析
  第三节  miR396功能讨论
    一、植物miR396家族成员的进化特点
    二、龙眼miR396在光响应过程中的作用
第六章  龙眼艘Ⅱ基因家族的全基因组鉴定、表达分析及相关功能研究
  第一节  龙眼BRn基因家族的全基因组鉴定与表达分析
    一、BRn生物信息学方法
    二、BR门生物信息学分析
    三、BRn功能讨论
  第二节  龙眼miR390e的靶标验证与功能研究
    一、miR390e转染体系方法
    二、miR390e功能分析
    三、miR390e功能讨论
第七章  生物反应器中蓝光对龙眼细胞培养及功能性代谢产物的影响
  第一节  生物反应器中龙眼胚性悬浮细胞培养条件的初步优化
    一、龙眼胚性悬浮细胞培养方法
    二、龙眼胚性悬浮细胞数据分析
    三、植物生物反应器研究讨论
  第二节  蓝光对龙眼胚性悬浮细胞培养及功能性代谢产物的影响
    一、生物反应器的各项指标测定方法
    二、生物反应器的各项数据分析
    三、生物反应器的关键指标讨论
第八章  结论与展望
  第一节  主要研究结论
    一、不同光质对龙眼EC功能性代谢产物积累及生理生化指标的影响
    二、不同光质对龙眼EC功能性代谢产物积累的转录组学分析
    三、不同光质对龙眼EC功能性代谢产物积累的miRNA分析
    四、龙眼miR396的前体克隆及分子特性与表达分析
    五、龙眼BR力基因家族的全基因组鉴定、表达分析及相关功能研究
    六、生物反应器中蓝光对龙眼细胞培养及功能性代谢产物的影响
  第二节  创新点
  第三节  展望
参考文献
缩写词
附录
  附录Ⅰ 不同光质条件下龙眼EC的转录组分析附图(附图-1至附图Ⅰ-12)
  附录Ⅱ  不同光质对龙眼Ec的转录组学分析附表(附表Ⅱ-1至附表Ⅱ-14)
  附录Ⅲ  不同光质对龙眼EC酶活含量的影响(附表Ⅲ-1至附表Ⅲ-4)
  附录Ⅳ  不同光质对龙眼EC代谢含量的影响(附表Ⅳ-1至附表Ⅳ-5)
  附录Ⅴ  生物反应器中龙眼细胞培养数据(附表V-1至附表V-12)