第1章 R语言基础
1.1 R语言概述
1.1.1 R语言的诞生
1.1.2 R语言的特点
1.1.3 R语言绘图系统
1.1.4 图形语法
1.2 搭建R语言环境
1.2.1 安装程序的下载
1.2.2 R语言的安装与启动
1.2.3 辅助工具Rstudio
1.2.4 包的安装与加载
1.3 对象与变量
1.3.1 对象
1.3.2 变量
1.4 数据结构
1.4.1 数据类型
1.4.2 向量
1.4.3 矩阵与数组
1.4.4 数据框
1.4.5 列表
1.4.6 因子
1.5 基本运算
1.6 获取帮助信息
1.6.1 使用内置帮助函数
1.6.2 获取自带数据集信息
1.6.3 R语言相关软件和资料
1.7 本章小结
第2章 数据基本操作
2.1 管道操作
2.2 数据存取
2.2.1 读入R格式数据
2.2.2 读取CSV/TXT格式数据
2.2.3 读取Excel格式数据
2.2.4 保存数据
2.3 数据连接
2.3.1 merge()函数
2.3.2 cbind()函数与rbind()函数
2.3.3 dplyr包的连接函数
2.4 数据抽样
2.4.1 生成随机数
2.4.2 随机抽样
2.4.3 系统抽样
2.4.4 分层抽样
2.5 数据塑形
2.5.1 宽数据转换为长数据
2.5.2 长数据转换为宽数据
2.5.3 分割列
2.5.4 合并列
2.6 缺失值与空值处理
2.6.1 缺失值
2.6.2 空值
2.7 本章小结
第3章 ggplot2绘图系统
3.1 基本语法
3.1.1 ggplot2语法框架
3.1.2 数据和图形属性映射
3.1.3 创建几何对象
3.1.4 添加统计变换
3.2 坐标系统
3.2.1 笛卡儿坐标系
3.2.2 极坐标系
3.2.3 地理坐标系
3.3 图形分面
3.4 标度函数
3.4.1 颜色标度函数
3.4.2 坐标标度函数
3.5 主题函数
3.6 保存图形
3.7 本章小结
第4章 注释与页面布局
4.1 添加注释
4.1.1 添加文本注释
4.1.2 通过嵌套为图形做注释
4.1.3 为坐标轴添加对数刻度线
4.2 页面布局
4.2.1 利用patchwork包
4.2.2 利用gridExtra包
4.3 本章小结
第5章 创建基本图表
5.1 散点图
5.2 折线图
5.3 柱状图
5.4 阶梯图
5.5 等高线图
5.6 核密度图
5.7 面积图
5.8 频率多边图
5.9 栅格图
5.10 本章小结
第6章 创建统计图表
6.1 直方图
6.2 二维直方图
6.3 箱线图
6.4 小提琴图
6.5 分组点图
6.6 添加误差条
6.7 本章小结
第7章 添加几何元素到图表
7.1 指定参考线
7.2 添加随机抖动
7.3 平滑线
7.4 垂直线
7.5 带状图
7.6 区间线段
7.7 多边形
7.8 文本标签
7.9 边缘短线
7.10 空几何对象
7.11 本章小结
第8章 统计变换绘图
8.1 绘制直方图和频率折线图
8.2 绘制条形图
8.3 绘制密度曲线
8.4 绘制置信椭圆
8.5 绘制等高线图
8.6 绘制箱线图
8.7 添加平滑曲线
8.8 绘制经验累积分布函数图
8.9 绘制Q-Q图
8.10 绘制分位数线
8.11 绘制数学函数图
8.12 绘制重复点数量图
8.13 绘制数据中的唯一值
8.14 显示原始数据
8.15 其他统计变换函数
8.16 本章小结
第9章 标度
9.1 标度概述
9.2 颜色标度
9.2.1 颜色标度函数汇总
9.2.2 调色板参数设置
9.2.3 RColorBrewer调色板
9.3 坐标标度
9.4 透明度标度
9.5 点形状标度
9.6 点大小/线粗细标度
9.7 线型标度
9.8 线宽标度
9.9 本章小结
第10章 拓展包ggpubr
10.1 ggpubr概述
10.2 快速创建图表
10.2.1 点图
10.2.2 散点图
10.2.3 密度图
10.2.4 箱线图
10.2.5 小提琴图
10.2.6 直方图
10.2.7 便捷绘图函数汇总
10.3 添加统计标记
10.3.1 添加回归线和相关系数
10.3.2 添加显著性标记
10.3.3 手动添加显著性标记
10.3.4 添加统计标记函数汇总
10.4 图形美化和调整
10.4.1 排列多幅图
10.4.2 调整图例、标题和坐标轴标签
10.4.3 添加注释和文本
10.4.4 导出图形
10.5 本章小结
第11章 其他拓展包
11.1 主题包(ggthemes)
11.2 峰峦图(ggridges)
11.3 水平条形图(ggHoriPlot)
11.4 相关矩阵图(ggcorrplot)
11.5 添加统计注释(ggstatsplot)
11.6 生存分析(ggsurvfit)
11.7 蜂群图(ggbeeswarm)
11.8 跟踪点/线(ggtrace)
11.9 马赛克图(ggmosaic)
11.10 本章小结