第1章  绪论
  1.1  研究背景及意义
    1.1.1  单核苷酸多态性
    1.1.2  全基因组关联分析
    1.1.3  表达数量性状位点
    1.1.4  全转录组关联分析
  1.2  研究现状与趋势
    1.2.1  遗传机制分析
    1.2.2  遗传风险预测
  1.3  本书框架与内容
第2章  基于多重中介模型识别反式-表达数量性状位点
  2.1  引言
  2.2  中介模型
    2.2.1  单一中介模型
    2.2.2  多重中介模型
    2.2.3  中介模型的模型假设
  2.3  模拟数据分析
    2.3.1  模拟数据设置
    2.3.2  模拟数据结果
  2.4  实际数据描述及预处理
    2.4.1  数据描述
    2.4.2  基因型数据预处理
    2.4.3  基因表达数据预处理
    2.4.4  基因表达数据中的人群分层和混杂因素
    2.4.5  eQTL分析
    2.4.6  富集分析
  2.5  实际数据分析结果
    2.5.1  富集分析结果
    2.5.2  trans-eQTL分析结果
  2.6  本章小结
第3章  转录组多基因风险评分方法
  3.1  引言
  3.2  转录风险评分
    3.2.1  转录风险评分
    3.2.2  基准方法LDpred和AnnoPred
    3.2.3  方法评估
  3.3  模拟数据分析
    3.3.1  模拟数据设置
    3.3.2  模拟数据结果
  3.4  实际数据分析
    3.4.1  数据描述
    3.4.2  基因型填充
    3.4.3  WTCCC数据集的结果
    3.4.4  meta-GWAS数据集的结果
  3.5  本章小结
第4章  tRNA衍生片段与T细胞活化在乳腺癌患者生存中的相互作用研究
  4.1  引言
  4.2  乳腺癌患者数据
  4.3  数据分析方法
    4.3.1  统计分析
    4.3.2  功能通路分析
  4.4  实际数据分析
    4.4.1  tRNA衍生片段与患者生存的相关性
    4.4.2  患者生存中T细胞活化状态与tRNA衍生片段的相互作用
    4.4.3  tRNA衍生片段与临床病理变量的相关性
    4.4.4  tRNA衍生片段与mRNA的相关性
    4.4.5  tRNA衍生片段与基因模块的相关性
  4.5  本章小结
第5章  总结与展望
  5.1  研究总结
  5.2  未来研究展望
参考文献
附录A  第2章相关表格
附录B  第4章相关表格