1  绪论
  1.1  序列组装意义
  1.2  序列组装难点
  1.3  序列组装步骤
  1.4  序列组装评价方法
2  基于insert size和读数分布的序列组装方法
  2.1  概述
  2.2  基于insert size和读数分布的序列组装方法
  2.3  实验数据
  2.4  打分函数有效性分析
  2.5  实验结果
  2.6  本章小结
3  内存低耗的序列组装方法
  3.1  组装内存效率
  3.2  EPGA2方法步骤
  3.3  实验结果
  3.4  本章小结
4  基于双端读数统计特征的scaffolding方法
  4.1  scaffolding难点
  4.2  基于双端读数统计特征的seaffolding方法
  4.3  实验分析
  4.4  本章小结
5  基于长读数和contig分类的seaffolding方法
  5.1  引言
  5.2  基于长读数和conting分类的scaffolding方法
  5.3  实验结果
  5.4  本章小结
6  一种gap填充结果评价方法
  6.1  概述
  6.2  比对信息预处理
  6.3  gap填充区域序列抽取
  6.4  gap参考序列抽取
  6.5  gap参考序列和填充gap区域序列比对
  6.6  实验与分析
  6.7  本章小结
7  基于读数集合分割策略的gap填充方法
  7.1  引言
  7.2  基于读数集合分割策略的gap填充方法
  7.3  实验及结果
  7.4  本章小结
8  基于k-mer特征分布的重叠检测算法
  8.1  前言
  8.2  k-mer分布特征
  8.3  基于k-mer分布特征的长读数重叠区检测方法
  8.4  实验及结果
  8.5  本章小结
9  基于Hi-C交互矩阵的contig纠错方法
  9.1  引言
  9.2  纠错方法步骤
  9.3  实验与结果
  9.4  复杂度分析
  9.5  本章小结
10基于Hi-C读数的scaffolding方法
  10.1  引言
  10.2  基于Hi-C读数的scaffolding方法
  10.3  实验与结果
  10.4  本章小结
参考文献