第一章  绪论
  第一节  生物信息学的概念
  第二节  生物信息学的历史
  第三节  为什么要学生物信息学
  第四节  生物信息学的方向和应用领域
  第五节  如何学习生物信息学
第二章  生物信息学数据资源
  第一节  数据库概述
  第二节  核酸数据库
  第三节  蛋白质数据库
  第四节  基因组数据库
  第五节  其他生物信息学数据库
第三章  序列比对
  第一节  序列比对概述
  第二节  序列比对的评分体系
  第三节  双序列比对方法
  第四节  多序列比对方法
第四章  数据库搜索
  第一节  数据库搜索概述
  第二节  基本局部比对搜索工具
  第三节  高级数据库搜索
第五章  系统发育分析
  第一节  系统发育概述
  第二节  分子系统发育树的构建方法
  第三节  系统发育树的评估
第六章  自然选择的检验
  第一节  生物进化重要理论概述
  第二节  氨基酸位点的适应性进化
  第三节  特定位点和分支的适应性进化
  第四节  群体自然选择检验
第七章  基因组学
  第一节  基因组学概论
  第二节  基因组分析
  第三节  基因组学研究方向及应用
第八章  转录组学
  第一节  转录组概述
  第二节  RNA-seq实验和分析的基本思路
  第三节  转录组常用数据库
第九章  蛋白质组学
  第一节  蛋白质组学概述
  第二节  蛋白质组数据的产生
  第三节  蛋白质组数据的分析
第十章  代谢组学
  第一节  代谢组学概述
  第二节  代谢组学数据处理的常用方法
  第三节  代谢组学分析工具和数据库概述
  第四节  代谢组学分析工具——MetaboAnalyst
第十一章  蛋白质结构计算
  第一节  蛋白质结构分类
  第二节  蛋白质三维结构预测
  第三节  蛋白质-蛋白质相互作用预测
  第四节  展望
第十二章  表观基因组学
  第一节  表观基因组概述
  第二节  DNA甲基化
  第三节  组蛋白修饰
  第四节  RNA修饰
  第五节  常见表观基因组数据资源及工具
第十三章  宏基因组
  第一节  宏基因组概述
  第二节  宏基因组数据的产生
  第三节  宏基因组数据的分析
  第四节  宏基因组数据的相关资源与工具
第十四章  非编码RNA
  第一节  非编码RNA概述
  第二节  miRNA的生物信息学分析
  第三节  lncRNA的鉴别及分析
  第四节  circRNA的鉴别及分析
第十五章  系统生物学
  第一节  系统生物学概述
  第二节  常见分子生物网络
  第三节  系统生物学的建模策略
  第四节  生物分子网络分析
  第五节  系统生物学数据资源和工具
主要参考文献