第1章  绪论
  1.1  环形RNA概述
  1.2  环形RNA的生物学功能
  1.3  环形RNA的识别计算
  1.4  环形RNA内部结构的探索及定量估计研究
第2章  环形RNA全长转录本序列组装的计算研究
  2.1  引言
  2.2  基于EMPC算法的环形RNA全长转录本序列重构方法
    2.2.1  基于参考基因组的转录本组装
    2.2.2  环形RNA全长转录本序列组装
  2.3  模拟数据验证
    2.3.1  环形转录组测序模拟数据生成工具
    2.3.2  模拟数据集
    2.3.3  算法性能评估
    2.3.4  环形RNA转录本重构的复杂性分析
  2.4  实验验证
    2.4.1  小鼠睾丸环形RNA测序数据的准备
    2.4.2  小鼠睾丸环形RNA组装结果
    2.4.3  用RT-PCR和Sanger测序对组装结果进行验证
    2.4.4  算法对真实数据的重构效率分析
  2.5  与现有算法的比较
  2.6  小结
第3章  环形RNA转录本定量计算研究
  3.1  引言
  3.2  基于EM算法的环形RNA转录本定量计算方法
  3.3  模拟数据验证
    3.3.1  模拟数据集
    3.3.2  算法性能评估
  3.4  实验验证
  3.5  与现有算法的比较
  3.6  人细胞系、小鼠睾丸和原鸡肌肉中环形RNA的表达与分析
  3.7  小结
第4章  小鼠睾丸和卵巢中环形RNA全长转录本表达谱分析
  4.1  引言
  4.2  材料和方法
    4.2.1  样本数据集的制备
    4.2.2  环形RNA全长转录本序列组装和定量分析
    4.2.3  环形RNA可变剪接体的差异表达分析
    4.2.4  功能富集分析
    4.2.5  circRNA-miRNA-mRNA调控网络构建
  4.3  结果
    4.3.1  小鼠睾丸和卵巢组织中环形转录本的概貌
    4.3.2  小鼠睾丸和卵巢组织中环形转录本的表达特征
    4.3.3  对差异表达环形转录本的分析
    4.3.4  circRNA-miRNA-mRNA相互作用调控网络
  4.4  小结
第5章  人脑胶质瘤样本中环形RNA全长转录本表达谱分析
  5.1  引言
  5.2  材料和方法
    5.2.1  样本数据集
    5.2.2  环形RNA转录本序列重构和定量分析
    5.2.3  差异表达环形RNA转录本的鉴定
    5.2.4  GO功能富集和KEGG信号通路分析
    5.2.5  miRNA预测和ceRNA网络构建
  5.3  结果
    5.3.1  人脑胶质瘤样本中环形转录本的概貌
    5.3.2  对照样本和疾病样本中环形转录本的特征
    5.3.3  环形转录本差异表达分析
    5.3.4  circRNA介导的ceRNA网络
  5.4  小结
附录
  附录1  缩略语
  附录2  小鼠睾丸组织环形RNA内部新的可变剪接事件
  附录3  RT-PCR实验所用引物信息
  附录4  人类HeLa细胞系中环形RNA内部新的可变剪接事件
  附录5  人类HEK293细胞系中环形RNA内部新的可变剪接事件
  附录6  人类Hs68细胞系中环形RNA内部新的可变剪接事件
  附录7  原鸡肌肉组织中环形RNA内部新的可变剪接事件
参考文献