前言
第一章  水产生物信息学概述
  第一节  生物信息学概述
    一、生物信息学
    二、生物信息学的主要研究内容
    三、分子生物学的典型应用软件
  第二节  生物信息学的发展简史
  第三节  水产生物信息学的应用与发展前景
    一、生物信息学技术在水产领域的应用
    二、水产生物信息学的发展前景
第二章  水产生物学基础
  第一节  生物大分子
    一、生物大分子的结构
    二、DNA和RNA
    三、蛋白质
  第二节  中心法则
    一、DNA的复制
    二、转录
    三、翻译
    四、中心法则的修正、补充和发展
    五、基因表达调控
  第三节  基因组、转录组、蛋白质组和表观组
    一、基因组
    二、转录组
    三、蛋白质组
    四、表观组
第三章  生物信息数据库
  第一节  数据库概述
    一、数据库简介
    二、数据库结构
  第二节  常用生物信息数据库的检索方式
    一、Entrez
    二、SRS
  第三节  水产生物信息数据库
    一、生物信息数据库
    二、常用水产生物信息数据库
    三、蛋白质数据库
    四、功能数据库
第四章  序列分析与比较
  第一节  序列分析
    一、核酸序列分析
    二、蛋白质序列分析
  第二节  序列比对概述
  第三节  序列两两比对
    一、序列两两比对的算法
    二、序列两两比对的工具
    三、序列两两比对分析实例
  第四节  多序列比对
    一、多序列比对算法
    二、多序列比对软件
    三、多序列比对分析实例
第五章  蛋白质结构与功能预测
  第一节  蛋白质结构的不同层次
  第二节  蛋白质一级结构及其获得方法
  第三节  蛋白质二级结构分析
    一、蛋白质二级结构的预测方法
    二、预测水产生物蛋白质二级结构
  第四节  结构域分析
    一、蛋白质结构域的预测方法
    二、水产生物蛋白质结构域的分析
  第五节  蛋白质三级结构分析
    一、蛋白质三级结构的解析方法
    二、水产生物蛋白质三级结构的分析
第六章  基因组测序与组装
  第一节  基因组测序原理与方法
    一、基因组测序的发展历程
    二、基因组测序的原理
    三、基因组测序流程
  第二节  基因组组装原理与方法及基因组组装评估
    一、基因组组装原理
    二、基因组组装方法
    三、基因组组装评估
  第三节  水产生物基因组组装技术与特征
    一、水产生物基因组组装策略
    二、水产生物基因组组装特征
第七章  基因组结构和功能注释
  第一节  引言
  第二节  重复序列识别
    一、重复序列的概念
    二、重复序列的分类
    三、重复序列识别的方法
    四、软件的操作
  第三节  基因组注释
    一、基因注释的策略
    二、基因组注释流程
    三、从头预测
    四、基于转录组数据的基因预测
  第四节  基因功能注释
    一、主流数据库
    二、比对软件
  第五节  基因家族聚类分析
    一、基因家族的概念
    二、基因家族聚类分析前数据处理和准备
    三、基因家族聚类的几种软件
第八章  系统发育与基因组快速进化
  第一节  分子进化与系统发育的理论基础
    一、分子进化的理论基础
    二、分子系统发育分析
  第二节  系统进化树的构建
    一、PHYLIP
    二、MrBayes
    三、PAUP*
    四、RAxML
    五、PhyML
    六、TREE-PUZZLE
    七、IQ-TREE
    八、MEGA
  第三节  水产动物的系统发育与基因组快速进化
    一、水产物种鉴定
    二、水产生物的分子进化分析
    三、正选择和快速进化
第九章  水产转录组学及其研究进展
  第一节  转录组测序技术概况
    一、转录组的基本概念
    二、转录组研究技术的发展
  第二节  转录组分析流程
    一、RNA-seq试验设计
    二、RNA-seq文库制备
    三、测序数据存储格式
    四、测序数据质量控制
    五、转录组拼接
    六、差异表达分析
    七、富集分析
第十章  水产生物基因组研究进展
  第一节  水产生物基因组研究概述
    一、水产生物基因组研究主要进展
    二、水产生物基因组的特征
  第二节  典型水产生物基因组研究
    一、鱼类基因组
    二、虾蟹类基因组
    三、贝类基因组
    四、藻类基因组
    五、棘皮动物基因组
第十一章  水产生物非编码RNA及其研究进展
  第一节  非编码RNA
  第二节  microRNA测序及分析方法
    一、miRNA的形成与分子机制
    二、miRNA的调控机制
    三、miRNA测序
  第三节  lncRNA测序及分析方法
    一、lncRNA的分类
    二、lncRNA的特性
    三、lncRNA测序
  第四节  circRNA测序及分析方法
    一、circRNA的生物合成
    二、circRNA的特性
    三、circRNA的分类
    四、circRNA的主要功能
    五、circRNA测序
第十二章  水产生物表观遗传学及其研究进展
  第一节  表观遗传学的内涵和研究内容
  第二节  表观遗传研究技术手段
    一、DNA甲基化
    二、组蛋白修饰
    三、非编码RNA
    四、染色质重塑
    五、RNA甲基化
  第三节  表观遗传在水产动物中的应用
    一、表观遗传在性别决定和分化中的研究
    二、表观遗传在抗病抗逆方面的研究
    三、表观遗传在生长发育方面的研究
第十三章  生物信息分析环境介绍及搭建
  第一节  Linux系统概述
    一、用于生物信息分析的计算机操作系统简介
    二、从Unix到Linux
    三、Linux发行版本
  第二节  建立和运行Linux系统工作环境
    一、安装Linux系统和虚拟机
    二、Linux系统的基本使用
    三、登录远程计算机
  第三节  基于Linux的常用生物信息分析软件
    一、常用序列处理工具
    二、本地BLAST