第1章  表观遗传学概论
  参考文献
第2章  DNA甲基化
  2.1  DNA甲基化概述
  2.2  DNA甲基化与细胞记忆机制
  2.3  DNA甲基化模式的建立和维持
  2.4  DNA甲基化在基因表达调控中的作用
  2.5  DNA甲基化在哺乳动物中的主要功能
  2.6  DNA甲基化与疾病
  2.7  DNA甲基化相关问题与展望
  参考文献
第3章  DNA去甲基化
  3.1  DNA去甲基化概述
  3.2  TET概述
  3.3  DNA去甲基化相关问题与展望
  3.4  DNA去甲基化研究面临的挑战
  参考文献
第4章  基因组印记
  4.1  基因组印记概述
  4.2  小鼠的印记基因
  4.3  基因组印记的调控
  4.4  印记基因群区的典型调控模型
  4.5  基因组印记的正常功能
  4.6  印记基因失常与人类疾病
  4.7  基因组印记的起源与进化
  4.8  总结与展望
  参考文献
第5章  基因剂量补偿和X染色体失活
  5.1  性别决定与基因剂量补偿的概述
  5.2  哺乳类X染色体失活的发现与简介
  5.3  X染色体失活的动物模型与分子机制
  5.4  X染色体失活与人类疾病
  5.5  总结与展望
  参考文献
第6章  组蛋白甲基化修饰
  6.1  蛋白质甲基化研究小史
  6.2  组蛋白甲基化酶的种类及催化的修饰类型
  参考文献
第7章  组蛋白去甲基化
  7.1  组蛋白去甲基化动态调控的研究历史概述
  7.2  组蛋白去甲基化酶的命名
  7.3  组蛋白去甲基化酶的生物学功能
  7.4  组蛋白去甲基化酶在制药领域的潜在应用
  参考文献
第8章  组蛋白乙酰化
  8.1  组蛋白乙酰化的发现
  8.2  组蛋白乙酰化酶及其复合物
  8.3  组蛋白去乙酰化酶和抑制剂
  8.4  乙酰化识别蛋白
  8.5  组蛋白乙酰化的作用机制及功能
  8.6  组蛋白乙酰化与人体生理病理
  8.7  组蛋白乙酰化修饰与药物研发
  8.8  展望
  参考文献
第9章  组蛋白其他修饰与组蛋白变体
  9.1  组蛋白其他修饰与组蛋白变体概述
  9.2  组蛋白磷酸化修饰
  9.3  组蛋白新型酰化修饰
  9.4  基于质谱检测的组蛋白修饰鉴定与定量分析
  9.5  组蛋白变体
  参考文献
第10章  组蛋白修饰识别
  10.1  组蛋白修饰识别概述
  10.2  组蛋白修饰识别的分子基础
  10.3  组蛋白修饰识别的调控机制
  10.4  组蛋白修饰识别的生物学功能
  10.5  组蛋白修饰识别与染色质信号转导
  10.6  组蛋白修饰识别因子的鉴定方法与技术
  10.7  组蛋白阅读器靶向的药物研发
  参考文献
第11章  染色质重塑
  11.1  染色质重塑概述
  11.2  核小体定位与基因调控
  11.3  组蛋白分子伴侣
  11.4  染色质重塑复合体
  11.5  染色质重塑与疾病
  参考文献
第12章  染色质结构与组蛋白变体
  12.1  染色体结构
  12.2  组蛋白变体
  参考文献
第13章  CTCF与三维基因组染色质高级结构
  13.1  CTCF与DNA的相互作用
  13.2  CTCF与黏连蛋白协同架构三维基因组染色质高级结构
  13.3  CTCF与染色质高级结构
  13.4  CTCF与基因表达调控
  13.5  总结与展望
  参考文献
第14章  Polycomb复合物及Trithorax复合物
  14.1  Polycomb复合物和Trithorax复合物概论
  14.2  Polycomb复合物
  14.3  Trithorax复合物
  14.4  Polycomb复合物和Trithorax复合物相关抑制剂
  14.5  总结与展望
  参考文献
第15章  DNA甲基化修饰酶的结构生物学研究
  15.1  DNA甲基转移酶
  15.2  DNA去甲基化调控酶
  参考文献
第16章  非编码RNA
  16.1  非编码RNA概述
  16.2  非编码RNA种类
  16.3  非编码RNA特征、产生及生物学功能
  16.4  非编码RNA与疾病
  16.5  研究非编码RNA的方法学
  16.6  总结与展望
  参考文献
第17章  siRNA
  17.1  RNAi概述
  17.2  siRNA的加工生成
  17.3  RNAi的调控机制
  17.4  RNAi引起的毒副作用
  17.5  RNAi药物的前景与挑战
  参考文献
第18章  RNAa
  18.1  RNAa概述
  18.2  外源性RNAa
  18.3  内源性RNAa
  18.4  线虫中的RNAa
  18.5  RNAa的应用
  18.6  RNAa领域面临的问题与展望
  参考文献
第19章  microRNA概述
  19.1  miRNA的概况
  19.2  miRNA的生物合成
  19.3  miRNA的作用机制
  19.4  miRNA数据库简介
  19.5  miRNA的功能与疾病
  19.6  miRNA与疾病诊断和治疗
  参考文献
第20章  NamiRNA
  20.1  miRNA概述
  20.2  增强子与miRNA的关系
  20.3  NamiRNA通过增强子介导基因的激活
  20.4  NamiRNA作用机制
  20.5  NamiRNA研究的展望与挑战
  参考文献
第21章  piRNA
  21.1  piRNA的发现、分类与生成
  21.2  piRNA通路的功能及作用机制
  21.3  piRNA机器的代谢
  21.4  piRNA与男性不育
  21.5  总结与展望
  参考文献
第22章  lncRNA
  22.1  lncRNA的发现和定义
  22.2  lncRNA的鉴定、种类与特征
  22.3  lncRNA的表达与转录后加工
  22.4  lncRNA的调控机制
  22.5  lncRNA的生理功能
  22.6  lncRNA与肿瘤
  参考文献
第23章  环形RNA
  23.1  环形RNA的发现
  23.2  环形RNA的基本分类
  23.3  环形RNA的自身代谢
  23.4  反向剪接环形RNA的生物学特征
  23.5  反向剪接环形RNA的功能
  23.6  环形RNA与疾病
  23.7  环形RNA研究展望
  参考文献
第24章  RNA修饰
  24.1  RNA修饰简介
  24.2  RNA修饰分布特征
  24.3  RNA修饰的生物学功能
  24.4  RNA修饰与生理病理效应
  24.5  总结与展望
  参考文献
第25章  RNA编辑
  25.1  RNA编辑概述
  25.2  RNA编辑的分类
  25.3  RNA编辑的定位和定量
  25.4  动物中RNA编辑的功能
  25.5  植物中RNA编辑的功能和意义
  25.6  RNA编辑的应用
  25.7  总结
  参考文献
第26章  DNA甲基化、组蛋白修饰及非编码RNA的互动与协调
  26.1  DNA甲基化、组蛋白修饰及非编码RNA的相互关系和调控概论
  26.2  DNA甲基化与组蛋白修饰
  26.3  非编码RNA与DNA甲基化
  26.4  非编码RNA与组蛋白修饰
  26.5  DNA甲基化、组蛋白修饰及非编码RNA三者之间的悖论和挑战
  参考文献
第27章  表观遗传学与基因可变剪接
  27.1  基因可变剪接的功能和生物学意义
  27.2  基因可变剪接的经典调控
  27.3  组蛋白修饰与基因可变剪接
  27.4  DNA甲基化与基因可变剪接
  27.5  研究展望
  参考文献
第28章  染色质的空间结构与功能学意义
  28.1  细胞核与染色质的空间组织架构
  28.2  解析染色质3D结构的方法
  28.3  发育过程中动态变化的染色质结构
  28.4  疾病情况下改变的染色质形态
  28.5  总结与展望
  参考文献
第29章  增强子与细胞身份
  29.1  增强子的概念与定义
  29.2  增强子的表观遗传学特征
  29.3  增强子序列变异及突变与疾病
  参考文献
第30章  表观遗传信息的遗传
  30.1  表观遗传信息的遗传概述
  30.2  表观遗传信息的跨代传递
  30.3  有丝分裂中的基因书签
  30.4  总结与展望
  参考文献
第31章  表观遗传与遗传的相互作用
  31.1  SNP与基因表观遗传调控区域的关系
  31.2  表观遗传修饰改变与拷贝数变异
  31.3  唐氏综合征的表观遗传异常
  31.4  遗传与表观遗传学共同决定人的性状
  参考文献
第32章  表观遗传学与生殖
  32.1  生殖过程概述
  32.2  精子发生和成熟的表观遗传特征
  32.3  卵子发生和成熟中的表观遗传调控
  32.4  表观遗传异常与不孕不育
  32.5  总结与展望
  参考文献
第33章  早期胚胎发育中表观遗传信息的传递、重编程和调控
  33.1  引言
  33.2  哺乳动物的配子发生和早期胚胎发育
  33.3  表观遗传调控在胚胎发育中的重要功能
  33.4  研究早期胚胎发育中表观遗传调控的方法
  33.5  配子发生中表观基因组的建立
  33.6  早期胚胎发育过程中的表观遗传重编程
  33.7  总结与展望
  参考文献
第34章  表观遗传学与重编程
  34.1  重编程概述
  34.2  重编程过程中的表观遗传调控
  34.3  总结与展望
  参考文献
第35章  表观遗传学与造血细胞分化及疾病
  35.1  正常造血过程及表观遗传调控
  35.2  造血分化异常疾病的表观遗传调控
  35.3  表观遗传调控因子的相互作用
  35.4  造血异常疾病的表观遗传调控
  35.5  总结与展望
  参考文献
第36章  表观遗传与免疫细胞分化及自身免疫病
  36.1  免疫细胞的发育和分化
  36.2  DNA去甲基化与免疫基因激活
  36.3  增强子对免疫细胞分化的调控
  36.4  自身免疫疾病与DNA甲基化
  36.5  组蛋白修饰与自身免疫疾病
  36.6  miRNA与自身免疫疾病
  36.7  总结与展望
  参考文献
第37章  表观遗传学与神经系统疾病
  37.1  表观遗传学简介
  37.2  神经发育疾病中的表观遗传学
  37.3  神经退行性疾病中的表观遗传学
  37.4  针对表观遗传的潜在治疗方法
  37.5  总结与展望
  参考文献
第38章  表观遗传学与孤独症谱系障碍
  38.1  孤独症谱系障碍
  38.2  孤独症谱系障碍与环境因素
  38.3  ASD中的典型基因突变
  38.4  孤独症谱系障碍与基因组印记异常
  38.5  ASD的表观遗传标志物
  38.6  总结与展望
  参考文献
第39章  表观遗传与分子代谢
  39.1  蛋白质翻译后修饰
  39.2  代谢基因突变产生致癌代谢物
  39.3  代谢与表观遗传研究所面临挑战
  39.4  总结与展望
  参考文献
第40章  表观遗传与肿瘤
  40.1  肿瘤的基本特征
  40.2  肿瘤与表观遗传
  40.3  总结与展望
  参考文献
第41章  表观遗传学与人类复杂疾病
  41.1  复杂疾病的遗传学
  41.2  复杂疾病的表观遗传学机制
  41.3  总结与展望
  参考文献
第42章  环境表观遗传学
  42.1  环境毒素与表观遗传学变化
  42.2  应对环境污染导致表观遗传变异的策略
  参考文献
第43章  表观遗传学与外泌体
  43.1  微囊泡概念及分类
  43.2  外泌体的生物生成
  43.3  外泌体分泌
  43.4  外泌体组成成分
  43.5  外泌体摄取
  43.6  外泌体的生物功能
  43.7  外泌体的应用
  43.8  外泌体的研究方法
  参考文献
第44章  表观遗传相关药物
  44.1  表观遗传重要靶点简介
  44.2  表观遗传药物的发展现状
  44.3  表观遗传先导化合物的研究现状
  44.4  表观遗传药物发现的难点和策略
  44.5  表观遗传药物的应用
  44.6  表观遗传药物发展面临的挑战及展望
  参考文献
第45章  基因编辑技术与表观遗传调控
  45.1  常见基因编辑方法概述
  45.2  基因组编辑技术在表观遗传调控中的应用
  45.3  基因编辑技术定向调控表观修饰的意义
  45.4  基因编辑定向调控技术的挑战与展望
  参考文献
第46章  表观遗传分子标志物
  46.1  表观遗传分子标志物的种类和特点
  46.2  表观遗传分子标志物的实验评估
  46.3  表观遗传分子标志物的临床应用
  46.4  表观遗传分子标志物在液体活检中的运用
  46.5  总结与展望
  参考文献
第47章  全癌标志物
  47.1  癌症研究的窘境
  47.2  肿瘤的异质性与共性
  47.3  全癌标志物
  47.4  全癌标志物的展望
  参考文献
第48章  DNA甲基化检测方法
  48.1  DNA甲基化研究方法概述
  48.2  全基因组整体甲基化水平测定
  48.3  基于甲基化敏感的限制性内切酶分析
  48.4  基于免疫亲和反应分析法
  48.5  基于亚硫酸氢盐转化的甲基化检测
  48.6  DNA甲基化检测方法的选择
  参考文献
第49章  DNA甲基化组数据的生物信息学分析
  49.1  DNA甲基化组数据类型概述
  49.2  数据分析流程
  49.3  相关前沿研究
  49.4  总结
  参考文献
第50章  染色质免疫共沉淀技术
  50.1  ChIP方法学概论.
  50.2  ChIP基本方法：ChIP-qPCR
  50.3  ChIP-on-chip
  50.4  ChIP-seq
  50.5  ChIP-exo
  参考文献
第51章  ChIP的生物信息学
  51.1  ChIP-seq数据概述
  51.2  单个ChIP-seq样本的预处理和下游分析
  51.3  来自相同细胞状态的多ChIP-seq样本整合分析
  51.4  跨细胞状态的ChIP-seq样本比较分析
  51.5  ChIP-seq数据分析的挑战与展望
  参考文献
第52章  lncRNA的检测及研究方法
  52.1  概述
  52.2  功能性lncRNA的筛查
  52.3  lncRNA的鉴定
  52.4  lncRNA的表达检测
  52.5  lncRNA在基因组上的结合位点检测
  52.6  RNA-蛋白质相互作用的检测
  52.7  lncRNA自身的表达调控研究
  52.8  总结与展望
  参考文献
第53章  RNA分析
  53.1  RNA-seq测序数据比对
  53.2  RNA的定量
  53.3  差异表达基因分析
  53.4  其他RNA分析方法
  参考文献
第54章  RNA修饰的检测
  54.1  RNA修饰的类型
  54.2  RNA修饰的检测技术
  参考文献
第55章  RNA剪接的生物信息学
  55.1  RNA剪接的生物信息学概述
  55.2  可变剪接的预测方法
  55.3  可变剪接预测结果的应用
  55.4  总结与展望
  参考文献
第56章  3D基因组检测方法
  56.1  染色质3D结构研究的实验方法
  56.23  D基因组学生物信息分析
  参考文献
第57章  单细胞测序技术
  57.1  单细胞测序技术的意义和发展
  57.2  单细胞分离技术
  57.3  单细胞全基因组扩增方法
  57.4  单细胞基因组测序
  57.5  单细胞转录组测序
  57.6  单细胞表观组测序
  57.7  单细胞多组学测序
  57.8  总结与展望
  参考文献
第58章  核小体定位分析
  58.1  核小体定位分析概述
  58.2  基于酶促切割DNA的方式
  58.3  基于酶促反应印迹的方式——NOMe-seq
  58.4  基于抗体富集的方式——H3ChIP-seq
  58.5  基于化学或者物理切割DNA的方式
  参考文献
第59章  蛋白质翻译后修饰的质谱分析
  59.1  生物质谱的原理和分析方法
  59.2  常见蛋白质翻译后修饰的质谱分析
  59.3  蛋白质及修饰的信息学分析
  59.4  展望
  参考文献
第60章  基因编辑方法学
  60.1  基因编辑技术原理
  60.2  ZFN技术
  60.3  TALEN技术
  60.4  CRISPR/Cas9技术
  60.5  其他类型的CRISPR核酸酶
  60.6  CRISPR/Cas9特异性-检测脱靶的方法
  60.7  提高特异性的方法
  60.8  设计sgRNA的网站
  60.9  基因敲除
  60.10  基因敲入
  60.11  纠正基因突变与引入点突变
  60.12  CRISPR/Cas9导入细胞的方法
  60.13  CRISPR/Cas9系统的其他几种应用
  60.14  总结与展望
  参考文献
第61章  二代测序样本制备策略
  61.1  简介：NGS及文库构建的关键
  61.2  NGS工作流程的基础：片段化、片段大小选择及测序方式
  61.3  DNA文库制备
  61.4  RNA文库制备
  61.5  NGS文库构建的注意事项：偏倚、复杂性、批次效应
  61.6  靶向测序和扩增子测序
  61.7  单细胞DNA测序
  61.8  单细胞RNA测序
  61.9  临床应用
  61.10  染色体免疫沉淀测序
  61.11  RNA免疫沉淀测序
  61.12  甲基化DNA免疫沉淀
  61.13  甲基化测序
  61.14  SHAPE测序
  61.15  其他基于二代测序的应用
  61.16  三代测序系统
  参考文献
第62章  表观遗传学常用软件及网站介绍
  62.1  ENCODE计划和Roadmap计划的介绍
  62.2  表观遗传常用数据及软件资源介绍
  62.3  表观遗传常用软件
  62.4  总结与展望
  参考文献
第63章  人也序列
  63.1  人也序列概述
  63.2  人也序列作用机制及应用
  63.3  总结与展望
  参考文献
后记