第一章  现代中国人的“科学”概念及其由来
  第一节  两种基本用法
  第二节  科学：夷之长技
  第三节  科学：来自日本的西方词汇
  第四节  科学：替代性的意识形态
  第五节  小结
第二章  西方科学溯源：希腊理性科学
  第一节  science辞源及其演变
  第二节  “仁爱”与“自由”：东西方不同的人性理想
  第三节  “科学”作为希腊的“人文”
  第四节  自由的学术：希腊科学的非实用性与演绎特征
  第五节  希腊数学作为自由学术的典范
  第六节  科学与礼学：希腊与中国的天文学
  第七节  自然的发明与理性科学的诞生
  第八节  小结
第三章  现代科学溯源之一：没有基督教就没有现代科学
  第一节  没有基督教就没有现代科学
  第二节  大学：自由学术的制度保障
    一、大学是一个自治机构
    二、大学提供基督教世界普适的学问标准
    三、大学以讲授自由之艺为基本
    四、大学以自由辩论为主要教学方式
  第三节  经院哲学：中世纪的科学形态
  第四节  唯名论革命为现代科学开辟道路
第四章  现代科学溯源之二：数理实验科学的形而上学基础
  第一节  求力意志：从求真的科学到求力的科学
    一、从理性自由到意志自由
    二、人类中心主义
    三、征服自然
    四、实验科学
  第二节  世界图景化：自然数学化与世界图景的机械化
    一、自然的数学化
    二、空间化
    三、时间化
    四、机械化
第五章  西方另类科学传统：博物学
  第一节  什么是博物学
  第二节  西方现代博物学的兴衰
    一、现代早期：从文艺复兴到16世纪的博物学
    二、17世纪的博物学
    三、18世纪的博物学
    四、19世纪：博物学的黄金时代
  第三节  博物学的当代意义
  第四节  重建科学谱系
第六章  传统中国的科学
  第一节  李约瑟难题
    一、中国古代无科学
    二、中国古代有科学
  第二节  中国古代的博物学
    一、概念界定
    二、李约瑟范式及其局限
    三、以博物学眼光重建中国科学史：天地农医
结语
附录一  对批评的答复
附录二  地方性知识的哲学和社会学
名词索引