绪论
第一篇 基础实践
  项目1 基因组测序模拟
  项目2 序列组装
  项目3 基因组注释之同源基因搜索
  项目4 基因组注释之从头预测与基因结构建模
  项目5 基因组注释之DNA元件预测
  项目6 基因组数据可视化
第二篇 扩展实践
  项目1 高通量测序平台及模拟工具的对比
  项目2 基因组序列组装软件的对比
  项目3 RNA-Seq数据从头组装软件的对比
  项目4 从头计算预测基因软件的比较
  项目5 基于转录组数据的新基因和转录变异体的发现
  项目6 基因转录调控分析
  项目7 基因组测序可视化工具的对比
第三篇 综合实践
  项目1 基因组测序模拟的编程实现
  项目2 同源基因搜索指导的基因结构预测
  项目3 基于RNA-Seq数据的基因组注释
  项目4 基于多重数据源的基因结构特征训练和应用
  项目5 基因结构特征模型参数的编程实践
  项目6 多重证据联合的基因结构建模
  项目7 转录因子调控机制分析
  其他综合实践设想
第四篇 常用软件使用手册
  1.ART
  2.Augustus
  3.BamTools
  4.BCFtools
  5.bedtools
  6.Bowtie2
  7.FastQC
  8.GFF格式处理工具
  9.NCBI BLAST
  10.NCBI SRA Toolkit
  11.QUAST
  12.Samtools
  13.SOAPdenovo
  14.Trimmomatic
  15.Trinity
  16.文件格式转换工具
附录
  附录1 基因组坐标体系
  附录2 常用数据格式