第一部分 自然哲学的诞生：古希腊世界的科学与数学
  人类本质
  蒂迈欧篇
  斐莱布篇
  理想国
  范畴篇
  后分析篇
  论天
  气象学
  物理学
  论生命
  论动物的生成
  几何原本
第二部分 翻译、引用及批判性参与：罗马、中世纪伊斯兰教及欧洲的科学
  论自然力
  医典
  治疗论：论矿物质和金属的形成
  天文学入门指南
  大著作：论实验科学
第三部分 天文学与力学的革命：从哥白尼到牛顿
  天体运行论
  天体运行论之前言
  哥白尼天文学概要
  关于两门新科学之间的对话
  如何理性务实地探索科学
  哲学原理
  研究自然的正确方向和新工具论
  新大西岛
  论地球之运动
  自然哲学之数学原理
  自然史：论行星之形成
第四部分 研究无形之物：光、电和磁学
  致亨利·奥尔登堡的信：光与色的理论草稿
  光学：关于光的反射、折射、曲折和颜色的论述
  关于光的论述
  论光色理论
  “电力实验”——写给费城的皮特柯林斯
  关于电流对磁针的影响之实验研究
  物质之力讲座第五讲：磁学与电学
  电学实验研究
  电磁场的动力学理论
第五部分 过渡元素：化学、空气、原子与热
  关于微粒或机械哲学的优越性与基础
  各种空气的实验和观察
  包含所有现代发现，以新的系统顺序排列的化学元素
  化学哲学的新体系
  原子相对质量的测定方法及原子进入化合物时数目之比的测定
  谈谈热动力以及适于发展热动力的机器
  我们称之为热的运动形式
  斯坦尼斯劳·坎尼扎罗教授写给 S.德·卢卡教授的一封信：化学哲学课程概要
  化学元素周期律
  在热动力学理论的基础上，推导出的热动力学理论
  论自然力的相互作用
第六部分 地球及其所有生物：地质学与生物学发展
  动物的心血运动论
  用放大镜对微小物体进行显微记录或生理描述并加以观察和探究
  动植物的结构与生长一致性的微观研究
  生长在可栖息的地球
  关于“自然经济”的一篇论文
  人口论
  自然神学：从自然现象中收集的关于神性存在和其属性的证据
  动物学哲学：关于动物自然史的论述
  器官相关法则
  论地球表面的革命
  地质学原理应可被视为地球及其居民近代变迁的地质学例证
第七部分 进化的出现：达尔文与其对话者
  论物种形成变种的趋势，兼论通过自然选择产生的变种与物种存续
  物种起源：通过自然选择的方式，在生存竞争中保留优势种群
  人类的由来及性选择
  《物种起源》评述
  亚当·塞奇威克致查尔斯·达尔文的一封信
  对达尔文《物种起源》的评述
  《物种起源》的时代来临